2006年3月30日，中国上海合作组织研究中心在北京成立。中心拥有上海合作组织国家研究中心的地位，主要由中国国内权威学术机构的著名专家学者组成，主任、执行主任、秘书长组成领导机构。中心秘书处设在中国国际问题研究院，承担研究中心日常工作。

中心的宗旨和任务在于整合中国国内智力资源，加强对上海合作组织的理论、战略、对策与动态研究，并与上海合作组织其他成员国相应的国家研究中心一道，组成上海合作组织论坛，通过论坛与各成员国专家学者开展有关上海合作组织发展的学术研究和理论探讨，发挥上海合作组织智囊团的作用。

中心每年定期举办年会、上合智库高端论坛等大型学术研讨会。中心成立以来，出版了三部《上海合作组织研究报告》（2007、2008/2009、2009/2010）。自2018年以来定期推出《上海合作组织蓝皮书》，目前已出版中、俄、英版共六部。中心定期派遣代表团出席上海合作组织论坛会议，为上海合作组织的发展贡献中方专家的智慧和方案。