中国国际问题研究所成立于1956年11月24日，是新中国第一所专门从事国际问题研究的机构。研究所是在时任外交部常务副部长张闻天的提议下，经国务院批准成立的，旨在结合我国外交斗争和国际活动的意图，以国家发展战略和外交总体布局为出发点，有目的地开展有关国际问题的科学研究。研究所最初的名称为“中国科学院国际关系研究所”。1958年，研究所更名为“国际关系研究所”，并与中科院脱钩。

文革中，研究所被撤销。1973年，为适应中美关系取得突破性进展后我国外交工作的需要，周恩来总理作了关于重建国研所的指示。重新筹建的研究所取名为“国际问题研究所”。

1979年，外交部明确规定研究所今后的方针任务为进行中长期、战略性和政策性研究。具体说来，应密切结合外交斗争实际，就国际形势发展中的战略性和重大政策性问题进行系统深入的中长期调研，提出建议；应对一些与实际斗争有关的理论性问题进行探讨。研究所应成为外交部进行战略性调研、重点国家基础调研和培养调研专业人才的基地。1986年，研究所正式更名为“中国国际问题研究所”，简称国研所。

1998年因国务院机构改革，原国务院中国国际问题研究中心并入国研所，挂靠在中国国际问题研究中心的“中国国际问题研究和学术交流基金会”也挂靠国研所，与中国太平洋经济合作全国委员会、亚太安全合作理事会中国委员会及后来的中国军控与裁军协会成为国研所的四个挂靠机构。

自建所首任所长孟用潜至今，国研所历经9位所长。现任所长为曲星。